CNVtilanteissa

CNVtilanteissa tarkoitetaan genomissa esiintyviä kopiomäärän vaihteluita (copy number variation, CNV), joissa tietyn genomisen alueen kopiomäärä poikkeaa viitegenomin määrästä. CNV:t voivat olla perittyjä tai somattisia, ja niiden pituus vaihtelee noin muutamasta kilobaasista useisiin megabaasisiin segmentteihin. Tyypillisiä ovat deleetiot (poistumat) ja duplikaatiot (lisäykset), mutta monimutkaisemmista rearrangementeista muodostuvat CNV-kokonaisuudet ovat myös mahdollisia.

CNV-tilanteet voivat vaikuttaa yhteen tai useampaan geeniin sekä suurimpiin genomialueisiin. Vaikutus riippuu kopiomäärän muutoksen koosta, kyseisten alueiden geneettisestä sisällöstä sekä geeneihin liittyvästä haploinsuffisienssistä tai triplosensitiivisyydestä. CNV:t voivat olla haitallisia, neutraaleja tai epäselektiivisesti tulkittuja, ja niiden kliininen merkitys vaihtelee yksilöittäin.

Havaitseminen ja tulkinta perustuvat laboratori- ja bioinformatiikan menetelmiin. Yleisimmät tekniikat ovat array-CGH (array comparative genomic hybridization) sekä SNP-pohjaiset kromosomaaliset analyysit, ja viime vuosina syventynyt peruskriteerien mukainen sekvensointitieto NGS:llä; kopiomäärä määritellään read depth -analyysillä, sekä tarvittaessa read-pair- ja split-read -tiedon avulla. Tulostus hyödyntää referenssitaustatietoja kuten Database of Genomic Variants (DGV), ClinGenin dosage-sensitivity-rahastot sekä DECIPHER, sekä kliinistä fenotyyppia ja periytyvyyttä koskevia tietoja.

Kliinisessä kontekstissa CNV:t voivat liittyä sairauksiin, kuten neurodevelopmentaalisiin oireisiin, sydän- ja kasvuviiveisiin, sekä syövän somaticisiin muutoksiin, jotka vaikuttavat kasvaimen kehitykseen ja hoitovaikutuksiin. Tulkinta on haastavaa ja vaatii kokonaisvaltaista huomiointia geneettisen sisällön, fenotypin ja periytyvyyden perusteella sekä tiedon päivittämistä väestön omaisuustietokannoista.