proteomikában

Proteomika, a fehérjéket vizsgáló tudományág, a proteomot elemzi egy adott sejtben, szövetben vagy organizmusban. Célja a fehérjék azonosítása, mennyiségi és funkcionális jellemzése, valamint a fehérjék kölcsönhatásainak feltárása a biológiai rendszerekben. A genomikára épülő megközelítés, a fehérjék dinamikáját, post-transzlációs módosításokat és környezeti hatásokat figyelembe véve vizsgálja őket.

A tipikus proteomikai munka a mintavétellel kezdődik, majd fehérje- vagy peptidek kivonásával, elválasztással és tömegspektrometriás (MS) elemzéssel folytatódik. Az MS adataiból peptideket azonosítanak, majd ezek alapján fehérjéket írnak le és mennyiséget becslnek. A folyamat gyakran elválasztási lépéseket és különféle címkézési stratégiákat is tartalmaz.

A kvantifikációra több megközelítés létezik: label-free és label-based módszerek. A label-based technikák közé tartoznak a SILAC, TMT és iTRAQ, amelyek lehetővé teszik több mintaforrás összehasonlítását. Emellett post-transzlációs módosítások (PTMs) és fehérje‑interakciók vizsgálata is fontos része a proteomikának, kiterjesztve a funkcionális értelmezést.

Alkalmazások közé tartozik a biomarker-felfedezés, klinikai proteomika, gyógyszerfejlesztés és a rendszerszintű biológia megértése, ideértve jelátviteli utak és fehérje‑interakciók feltárását. Adatkezelés és standardok: mzML és mzIdentML formátumok, nyílt adattárak (például PRIDE, PeptideAtlas). A proteomika gyakran integrálódik genomikával proteogenomika formájában.