atomposisjonene

Atomposisjonene refererer til plasseringen av hvert atom i en molekyl eller en krystallstruktur. De beskrives vanligvis med tre koordinater i et valgt referansesystem, eller som fraksjonelle koordinater i forhold til enhetcellen i krystallografi. I molekyler bestemmes geometri og konformasjon av disse posisjonene, og små endringer kan betydelig påvirke kjemiske egenskaper og reaksjonspotensial.

I krystaller blir atomposisjonene videre bestemt av strukturell symmetri og romgruppen som beskriver enhetcellens repeterende mønster. Wyckoff-posisjoner klassifiserer mulige plasseringer basert på plassenes symmetri og antall tilsvarende posisjoner innen enheten. Fraksjonelle koordinater gir posisjonene innenfor enhetcellens grenser, og tallene kan være multiplitet av plasseringen avhengig av romgruppen.

Besetning og termiske bevegelser er viktige tillegg ved atomposisjoner i krystallstrukturer. Besetningen angir hvor stor andel av tid en gitt posisjon er besatt av et bestemt atom eller av flere atomer (for eksempel i disordered strukturer). Temperaturfaktorer, ofte betegnet B-faktorer, beskriver hvor mye atomet svinger rundt sin gjennomsnittlige posisjon; anisotrope B-faktorer gir retningen av disse svingningene.

Bestemmelse og bruk av atomposisjoner skjer ofte gjennom røntgenkristallografi eller neutronkristallografi, og resultatene lagres i CIF-filer som inneholder koordinater, besetning og varmeparametere. Kunnskap om atomposisjonene er sentral for å beregne bindinger, vinkler og romlige egenskaper i både molekyler og materialer.