Kohdeproteiini

Kohdeproteiini on proteiini, jonka toimintaa pyritään muuttamaan lääkehoidossa, diagnostiikassa tai tutkimuksessa. Se toimii usein sairauden patogeneesissä tai sen ylläpitäjässä biokemiallisessa reitissä, ja sille etsitään molekyyli, joka sitoutuu siihen ja muuttaa sen toimintaa. Kohdeproteiini voi olla solun ulko- tai sisäpuolella, esimerkiksi reseptori, entsyymi tai signaalireittejä säätelevä regulaattori.

Käytännössä kohdeproteiineja etsitään ja validoidaan lääkekehityksen yhteydessä. Tavoitteena on löytää proteiini, jonka muokkaaminen tarjoaa terapeuttisen hyödyn ja jonka voidaan estää tai aktivoida valittavilla molekyyleillä. Tyypillisiä kohdeproteiineja ovat solukalvon kasvutekijäreseptorit (kuten EGFR ja HER2), immuunivastauksen säätelyyn osallistuvat proteiinit (kuten PD-1/PD-L1) sekä entsyymit ja muut signaalireittejä ohjaavat rakenteet. Druggability-arviointi huomioi proteiinin rakenteen, ilmentymän ja saavutettavuuden sekä mahdolliset haittavaikutukset.

Tutkimuksessa kohdeproteiini määritellään ja vahvistetaan sekä solutasolla että kontekstissaan. Sen toiminnan modulaatio voidaan toteuttaa pienmolekyylillä, monoklonaalisella vasta-aineella, RNAi- tai CRISPR-pohjaisilla lähestymistavoilla. Mittauksissa käytetään immunologisia ja proteomisia menetelmiä sekä analyyttisiä lähestymistapoja; esimerkiksi immunohistokemia, Western blot, ELISA ja massaspektrometria. Tietokannoista, kuten UniProt ja ChEMBL, saa lisätietoa proteiinien ominaisuuksista ja bioaktiivisuudesta.