Oligonukleotid

Oligonükleotid, kısa bir nükleik asit dizisi olan DNA veya RNA molekülünün kısa bir zinciridir. Genellikle 10 ila 100 nükleotit uzunluğunda olan bu moleküller, belirli bir dizi için tasarlanır ve çoğunlukla laboratuvar çalışmaları ile terapötik uygulamalarda kullanılır. En yaygın kullanımları arasında PCR primerleri ve sekanslama için başlangıç dizileri, problar ve bağlanma ajanları ile gen ifadesinin izlenmesi bulunur. Ayrıca antisense oligonükleotidler, RNA hedefli regülasyon ve aptamerler gibi fonksiyonel formlar da geliştirilmiştir.

Sentezi tipik olarak katı faz üzerinde fosforamidit yöntemiyle gerçekleştirilir ve otomatik sentezleyicilerle üretilebilir. Sentez sonrası oligonükleotidlerin saflaştırılması gerekir; yaygın arındırma yöntemleri arasında HPLC ve PAGE bulunur. Doğal olarak DNA veya RNA omurgasına sahip olabilir ve omurgadaki negatif yük, bağlanma gücü ve erime sıcaklığını etkiler. Modifikasyonlar, dayanıklılığı, bağlanma afinitesini ve belirli biyolojik özellikleri artırmak için kullanılır; örneğin 2'-O-metil RNA ve Locked Nucleic Acids (LNA) gibi yapılar veya uçlara eklenen kimyasal etiketler.

Kullanım alanları arasında moleküler biyoloji laboratuvarlarında tanı ve araştırma, klinik tanı testleri ve terapötik uygulamalara yönelik ürünler yer alır. Oligonükleotid tasarımı, hedef özgüllüğünün sağlanması ve off-target etkilerin azaltılması açısından dikkatli bir yaklaşım gerektirir.