promoterregioner

Promoterregioner är DNA-sekvenser som ligger i närheten av transkriptionsstarten för en gen och fungerar som platser där transkriptionsmaskineriet rekryteras. I prokaryoter ligger promoterregionen uppströms om startpunkten och kännetecknas ofta av de klassiska -35 och -10 elementen som känns igen av sigmafaktorer. Avståndet mellan dessa element är viktigt för initieringen.

I eukaryoter och arkéer är kärnpromotorn en mer komplex enhet där RNA-polymeras II binder med basalfaktorerna. Kärnpromotorer innehåller ofta kärnpromotor-element som TATA-boxen, initiator-elementet (Inr) och Downstream Promoter Element (DPE); vissa promotorer saknar TATA och är CpG-öar rika. Promoterproximalregionen ligger uppströms från startstället och rymmer regulatoriska element som påverkar initieringen under korta avstånd.

Distala regulatorer som enhancers och silencers påverkar ofta promotoraktiviteten via kromatinveckling och DNA-looping, vilket möjliggör kontrollerad fångst av transkriptionsfaktorer till kärnpromotorn. Promoterer kan vara aktiva vid olika celltyper och under olika tillstånd, och många gener har alternativa promotorer som ger olika startplatser och 5' UTR-sekvenser, vilket kan påverka transkriptets stabilitet eller översättningskontroll.

Epigenetiska mekanismer, särskilt DNA-metylering av CpG-öar i promotorregioner, är vanliga sätt som kan hindra transkriptionsinitiering. Mutationer eller polymorfier i promoterregioner kan ändra promotorstyrka och bidra till sjukdomar eller variation i uttryck mellan individer.

Experimentellt kartläggs promotorregioner genom promoter-assays, kartläggning av transkriptionsstartpunkter (t.ex. CAGE eller 5' RACE) samt kromatinimmunoprecipitation (ChIP-seq) för RNA-polymeras II och transkriptionsfaktorer.