polymeeritiedostoja

Polymeeritiedostoja kuvaa termi, joka viittaa digitaalisiin tiedostoihin, jotka tallentavat polymeerien rakenteen, ominaisuudet ja laskentatyöskentelyn tiedot. Tällaiset tiedostot voivat kuvailla sekä materiaalin perusrakennetta että simuloinneissa käytettyä dataa sekä metatietoja, joita tarvitaan polymeerien tutkimuksessa ja teollisessa suunnittelussa.

Tiedostomuotoja ja sisältöä on monenlaisia. Rakennekuvaukseen liittyviä muotoja ovat esimerkiksi SMILES ja InChI, joita voidaan laajentaa monomeerien toistuvien yksiköiden kuvaamiseen. Pitkän ketjun polymeerit tallennetaan usein atomikoordinaattien formaatteihin kuten PDB, CIF tai XYZ, sekä monikappaleisten rakenteiden tueksi. Simulointia varten käytetään topologiatiedostoja ja trajektori-tiedostoja: GROMACSin TOP-, GRO- ja TRR-tiedostot, AMBERin prmtop, CHARMM-psf/ crd sekä LAMMPSin data- ja trajektoritiedostot. Myös yhteenvetotiedostot kuten SDF- ja MOL2-formaatit voivat sisältää polymerin ja sen ominaisuudet kerrallaan. Toissijaisesti käytetään usein myös yksinkertaisempia kuvauksia SMILES-/InChI-tiedostojen combined-versioista.

Käyttökohteita ovat rakenne- ja ominaisuuslaskelmat sekä klassis- tai kvanttisimulaatiot, sekä polymer informatics – suurten tietokantojen haku, vertailu ja optimointi. Tiedostojen yhteensopivuus on tärkeää, joten tiedostojen muuntaminen ohjelmistojen kuten Open Babelin tai RDKitin avulla on yleistä. Haasteina ovat ketjujen pituuden ja jakauman aiheuttamat tiedostokoot sekä toistettavuuden ja standardoinnin tarpeet; hyvä käytäntö on sisällyttää riittävästi metatietoja, kuten molekyylimassat, monomeerien suhteet ja simulaation parametrit.