nucleotidevolgorde

Een nucleotidevolgorde is de lineaire volgorde van nucleotiden langs een molecuul van DNA of RNA en bepaalt de genetische informatie van een organisme of virus. In DNA bestaan de nucleotiden uit adenine (A), thymine (T), cytosine (C) en guanine (G); in RNA vervangt uracil (U) thymine. De volgorde bepaalt welke aminozuren worden gebruikt bij de eiwitsynthese en hoe regulerende elementen genexpressie beïnvloeden.

Bij DNA ligt de volgorde op de ene streng complementair aan die op de andere; A paart met T en C met G. Een gen is een functionele eenheid die codeert voor eiwitten of functionele RNA-moleculen. Drie opeenvolgende nucleotiden vormen een codon dat een specifiek aminozuur codeert; stopcodons beëindigen de vertaling.

Sequencing bepaalt en analyseert nucleotidevolgorden. Methoden omvatten Sanger-sequencing en next-generation sequencing (NGS); meer recente technologieën kunnen lange reads leveren. Uit sequentiegegevens kunnen genomen of delen daarvan worden vastgesteld, geassembleerd en geannotationeerd, en vergeleken met referentiegenomen.

Varianten in de volgorde, zoals enkelvoudige nucleotide-wisselingen (SNV), inserties of deleties, kunnen genfunctie beïnvloeden en zijn relevant in geneeskunde, evolutieonderzoek en forensische wetenschappen. Sequentiegegevens worden opgeslagen in formaten zoals FASTA en gekoppelde databases en geanalyseerd met bioinformatica-tools.

Een nucleotidevolgorde is dus de sleutel tot erfelijkheid, variatie en moleculaire biologie, met toepassingen in onderzoek, geneeskunde en biotechnologie.