genomilaajuisia

Genomilaajuisia tutkimuksia kuvaa tutkimusmenetelmien ja analyysien kokonaisuus, jossa koko genomi tutkitaan systemaattisesti. Tällä lähestymistavalla pyritään löytämään geneettisiä variaatioita, jotka ovat yhteydessä eliöön kohdistuviin ominaisuuksiin tai sairauksiin genomin kaikilla alueilla, ei vain etukäteen valituissa geeneissä.

Yleinen esimerkki on genomilaajuinen assosiaatiututkimus, eli GWAS. GWAS:ssa tutkitaan suuria määriä perintötekijävariansseja (yleensä yksittäisnukleotidivarianseja, SNP:itä) ja niiden yhteyttä tarkasteltavaan fenotyyppiin. Tutkimukseen kerätään laajat genotyyppitiedot joko SNP-pitoisista pavuista tai koko genomin kattavasta sekvensiosta sekä tarkkailtava fenotyyppi. Laadunvarmistuksen ja imputoinnin (tuntemattomien varianttien arvaamisen) jälkeen yhdistetään yksittäisten varianteiden yhteydet tilastollisilla malleilla, jotka huomioivat kovariot ja populaatiorakenteen.

Tuloksena syntyy luettelo genomilla laajuisista riskialueista ja ehdotetuista candidate-geeneistä. Usein tuloksia vahvistetaan riippumattomilla koepokkain kokoonpanoilla ja yhdistetään meta-analyyseilla. Tuloksia voidaan käyttää myös polygeenien riskin arviointiin ja sivuvaikutusten tai yhteisyyksien tutkimiseen.

Genomilaajuiset tutkimukset kohtaavat rajoitteita: yksittäiset variantit selittävät usein pienen osan periytyvyydestä, löydöt voivat riippua populaatioista, ja monimutkaisissa taudeissa tarvitaan usein toiminnallista validointia sekä fine-mappaus- ja seuraavia tutkimuksia.

---