MDsimulaties
MD-simulaties, afgekort als molecular dynamics, zijn een computationele methode om de tijdsafhankelijke beweging van atomen en moleculen te bestuderen. Door Newtons bewegingswetten toe te passen op onderling aangestuurde interacties, wordt de dynamiek van systemen zoals water, biomoleculen en materialen onderzocht. Interacties worden gemodelleerd met een krachtenveld dat onder meer bindingen, hoek-, dihedrale en nonbonded termen beschrijft.
De simulatie start met een configuratie en snelheidsverdeling; de bewegingen worden geëvolueerd met integrators zoals Verlet,
Elektrische interacties op lange afstand worden vaak berekend met Ewald-sommen of PME; er wordt gebruikgemaakt van
Toepassingen: eiwitdynamiek en ligandbinding, membraanproteïnen, materialen en polymeren; MD levert trajecties, energieprofielen en kinetische informatie die
Softwarepakketten zoals GROMACS, AMBER, NAMD en LAMMPS zijn wijdverspreid en ondersteunen verschillende krachtvelden, systemen en hardware.
Beperkingen en geavanceerde methoden: MD vereist nauwkeurige krachtvelden en beperkt zich door tijd- en lengteschaal; uitgebreide